Неинфекционный эндокардит развивается, когда на пораженных сердечных клапанах образуются фиброзные тромбы без микроорганизмов (стерильные вегетации). Неинфекционный эндокардит, как и инфекционный эндокардит, может вызвать недостаточность сердечных клапанов или нарушение раскрытия створок клапанов. При отрыве вегетаций (превращении их в эмболы) и переносе с кровью в другие части тела они могут оседать на артериях, блокируя их.